Médecin directeur du CES de la CPAM du Gers de septembre 2005 à septembre 2013,
Philippe Nakpane devient médecin directeur du pôle santé publique de la CPAM de Pau en octobre 2013. Il occupe toujours ce poste à ce jour.
En parallèle, il occupe le poste de médecin coordonnateur de la structure de gestion des dépistages des cancers des Pyrénées atlantiques (PYRADEC) de 2013 à 2019.